Dla podatników są tak samo ważne jak wydawanie decyzji dla urzędników. W tym zakresie podatnicy mają również iluzoryczne prawa.

Niedopuszczalne jest, aby podatnik, który nie ma zaległości podatkowych nie otrzymał i to bezzwłocznie zaświadczenia o niezaleganiu, ponieważ jest mu ono niezbędne do prowadzenia działalności. Bez niego nie uzyska kredytu bankowego, nie wystartuje w żadnym przetargu.

A przepisy i praktyka ich stosowania pozbawiają wielu podatników prawa do uzyskania stosownego zaświadczenia. Kuriozalne jest to, że na przykład ma to miejsce w sytuacji, gdy organy podatkowe wydały i wyegzekwowały niezgodną z prawem decyzję. Co oznacza, że  ma on nadpłatę, a nie może uzyskać zaświadczenia o niezaleganiu.

Wystarczy, że urząd skarbowy wyda decyzję określając wysoką kwotę zaległości, która zostanie przez izbę skarbową uchylona i określona zostanie mniejsza kwota zaległości i podatnik całą tą zaległość zapłaci. Jeśli następnie sąd administracyjny uchyli decyzję izby skarbowej rozpoznając skargę podatnika i przekaże izbie skarbowej sprawę do ponownego rozpoznania to oczywistym jest, że podatnik ten zapłacił podatek z niezgodnej z prawem decyzji, czyli ma nadpłatę. A zdaniem organów podatkowych podatnik ten ma zaległość bowiem do obrotu prawnego powróciła decyzja urzędu skarbowego. I do czasu aż izba skarbowa nie wyda nowej decyzji podatnik ten zaświadczenia nie uzyska.